为科学合理地保护万寿岩遗址，根据习近平同志提出的“进一步提出全面保护规划和意见”的批示精神，2000年5月，我市委托中国文化遗产研究院编制《福建省三明万寿岩旧石器时代遗址总体保护规划》，于2002年10月完成，2005年初通过国家文物局批复。2012年对保护规划进行了修编，调整了近期、中期和远期的目标和任务，2013年7月14日福建省人民政府印发了《关于同意公布三明万寿岩遗址保护规划的批复》（闽政文[2013]272号）。
    按照《三明万寿岩旧石器时代遗址总体保护规划》的要求与工作目标，确定了万寿岩遗址保护利用的总体目标任务：把万寿岩遗址建设成为集旧石器时代遗址考古发掘、爱国主义教育、科学文化知识传播、闽台文化渊源研究为一体的高品位考古遗址公园。
    根据《规划》要求，为切实解决万寿岩遗址本身存在的诸多安全问题，2002年开始，我市委托中国文化遗产研究院和中国地质大学（武汉）等科研单位来明先后编制了第一至三期的保护方案并分期实施。​万寿岩大遗址保护工作和考古遗址公园建设都是紧紧围绕着《万寿岩旧石器时代遗址总体保护规划》和《三明市万寿岩考古遗址公园规划》等规划逐步实施，始终坚持“保护为主，抢救第一，合理利用，加强管理”的文物工作方针，遗址各项保护和利用工作正按规划逐步实施。