为使万寿岩遗址得到有效保护，中共三明市委机构编制委员会办公室于正式批复成立了三明市万寿岩遗址文物保护所（三明市万寿岩遗址博物馆），并明确了职级和编制。

2020年8月，三明市万寿岩遗址文物保护所（三明市万寿岩遗址博物馆）更名为三明市万寿岩遗址保护中心（三明市万寿岩遗址博物馆），为市政府直属事业单位，机构规格副处级，为财政核拨的公益一类事业单位。主要职责为：承担万寿岩遗址考古、保护、研究及遗址文物的收藏、管理、展示、征集、开发利用和国家考古遗址公园的建设、运营、管理等工作。

领导信息

主任：李顺亮

男，汉族，1972年8月生，福建尤溪人，1995年9月参加工作，1999年11月加入中国共产党。

厦门大学历史学专业毕业，大学本科学历（历史学学士），主任记者。

副主任：朱凯

男，汉族，1972年10月生，河南淮阳人，大专学历，文博副研究馆员。

中国古陶瓷学会会员、福建省博物馆学会会员，三明市政协特邀文史研究员。