2001年6月，万寿岩遗址被国务院公布为第五批全国重点文物保护单位； 

 

2001年8月，万寿岩遗址被评为“2000年度全国十大考古新发现”；

 

2005年6月，万寿岩遗址被评为三明市市级爱国主义教育基地；

 

2006年，万寿岩遗址被国家文物局列为全国百项大遗址保护之一；

 

2010年10月，万寿岩遗址被授予“福建省科普教育基地”；       

 

2013年12月，万寿岩考古遗址公园被国家文物局列入第二批国家考古遗址公园立项名单；

 

2013年12月，万寿岩遗址荣获国土资源部公布的“第一批国家级重点保护古生物化石集中产地”命名；

 

2016年5月，三明市万寿岩遗址博物馆被省宣传部评为省级爱国主义教育基地；

 

2017年12月，万寿岩考古遗址公园被国家文物局公布为第三批国家考古遗址公园；

 

2018年1月，三明市万寿岩遗址博物馆入选首批三明市研学旅行示范基地名单；

 

2018年7月24日，三明市万寿岩遗址文物保护管理所荣获“全国文物系统先进集体”称号；

 

2019年9月29日，三明市万寿岩遗址博物馆主题陈列“海峡两岸的远古家园——三明万寿岩旧石器时代遗址”荣获福建省“十大陈列展览精品”；

 

2019年9月29日，三明市万寿岩旧石器时代遗址环境整治工程荣获福建省“十大考古发现与文物保护项目”；

 

2019年12月7日，中科院古脊椎动物与古人类研究所万寿岩遗址科研科普基地在万寿岩遗址挂牌成立；

 

2020年7月20日，三明市政府与北大考古文博学院共建万寿岩遗址教学实践科研基地；

 

2020年10月，万寿岩遗址博物馆被省委宣传部列为习近平新时代中国特色社会主义思想实践示范基地；

 

2020年11月，荣获2019—2020年度国家考古遗址公园联盟“社会活动组织奖”第三名；

 

2021年4月，万寿岩遗址博物馆被评为福建省优秀科普教育基地；

 

2021年10月，由中国考古学会文化遗产保护专业委员会提名，万寿岩遗址获评考古遗址保护展示优秀项目；

 

2021年11月，万寿岩遗址被列入国家《大遗址保护“十四五”专项规划》名单；

 

2021年12月，三明市万寿岩遗址博物馆被评为国家三级博物馆；

 

2021年12月，万寿岩遗址成为闽台职工交流基地；

 

2021年12月，万寿岩遗址——船帆洞入选首届三明“网红打卡地”；

 

2021年4月，“三元万寿岩保护开发”获评三明市践行“青山绿水是无价之宝”理念“十佳典型案例”。